در دوران صفویان متصدی امور موقوفات با نام صدرالصدور وزیر اوقاف و مستوفی موقوفات خوانده می‌شد. در دوران زندیه وزارت موقوفات مسئول رسیدگی به امور موقوفات و بقاع بوده است.
پس از استقرار حکومت مشروطه در سال 1285 شمسی وزارت معارف و اوقاف و صنایع دستی تاسیس و به اداره موقوفات پرداخت.
رضاخان یاغی با پیروی از نقشه‌های شوم استعمار پیر انگلیس با تصویب قانون موقوفات در سال 1313 به دنبال تسلط و دخل و تصرف در موقوفات برآمد و ازعمل بر طبق اصول وقف سر باز زد و عواید موقوفات صرف بذل و بخشش‌های بی‌حساب شد وعده‌ای که وابسته به دربار بودند از این ممر استفاده‌های فراوان نموده و دخل و تصرف دولت در املاک موقوفات تا آنجا پیش رفت که در اردیبهشت سال 1320 قانون اجازه فروش املاک زراعتی موقوفات در مجلس به تصویب رسید.
در دوران محمد رضا هم سیاست تخریبی موقوفات ادامه یافت تا آنجا که در سال 1339 در فرآیند قانون اصلاحات ارضی مجدداً دخل و تصرف و فروش باقیمانده موقوفات آغاز و در سال 1350 با تصویب قوانین مرتبط در آخرین مرحله از این مقررات، موقوفات عامه نیز به فروش رفت و لطمه سنگینی بر پیکره وقف وارد نمود و با این زمینه و فرهنگ سازی اعتماد مردم را نسبت به وقف کاملا متزلزل نمود.
با پیروزی انقلاب اسلامی قانون تجدید قرارداد، اجاره املاک و اموال موقوفه با تجدید انتخاب متولیان و امنا و نظار اماکن مذهبی در شورای انقلاب به تصویب رسید که به موجب آن کلیه قرارداد های موقوفات با مستاجرین و احکام هیئت های امنا باطل و با حرکتی اساسی موضوع رابطه با مستاجرین بازنگری شد.
در ادامه این روند و در پی فرمان حضرت امام(ره) ماده واحده قانون ابطال اسناد آب و اراضی وقفی در سال 1363 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید و فروش کلیه موقوفات باطل اعلام گردید و زمینه احیاء و آبادانی موقوفات فراهم شد و در همین رهگذر قانون تشکیلات و وظایف سازمان حج و اوقاف و امور خیریه نیز در همان سال به تصویب رسید.
موضوع وقف در سال‌های پس از انقلاب اسلامی نیز متاسفانه باز هم مورد غفلت قرار گرفته و در سند چشم انداز کشور و برنامه‌های اول، دوم و سوم توسعه فرهنگی، اجتماعی و اقتصادی کشور مورد توجه لازم واقع نشده، موقوفات و خیل عظیم خیرین از نظر دورمانده است.
چه بسا اگر به این مهم توجه لازم می‌گردید امروز ناظر و شاهد بروز و ظهور جدی‌تر وقف و امور خیریه در عرصه‌های مختلف بوده و جامعه از خیرات و برکات این سنت حسنه هرچه بیشتر بهره‌مند می‌گردید.
در سال 1385 با رویکرد دولت عدالت محور و تغییراتی که در سطح سازمان صورت گرفت موضوع تحول و برنامه ریزی با تهیه و تدوین سند راهبردی و برنامه های سه ساله منتهی به پنج ساله چهارم در صدر اهداف سازمان اوقاف و امور خیریه قرار گرفت.
